Uma solução dada por Using opacity in TikZ causes strange rendering in Acrobat seria digitar
\pdfpageattr{/Group <</S /Transparency /I true /CS /DeviceRGB>>}
no preâmbulo do documento.
Ou usar outro visualizador, por exemplo, evince ou XPDF. Ambos podem ser instalados pela 'Central de Programas do Ubuntu'.
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