As distribuições mais recentes do linux estão adotando a codificação de caracteres utf-8. Para converter seus arquivos para o novo padrão veja no site tex-br.
Como o site tex-br sai do ar. Vou escrever aqui os códigos para conversão dos arquivos:
De ISO para UTF:
recode -d l1..u8 arquivo.tex
De UTF para ISO:
recode -d u8..l1 arquivo.tex
Caso queira converter o arquivo para a acentuação do latex:
recode -d l1..tex arquivo.tex
Lembrete: o recode grava em cima do próprio arquivo. Para sua segurança, faça um back-up do arquivo antes de executar o comando, ou:
recode -d l1..tex < arquivo.tex
isso faz com que o resultado do recode seja mostrado direto na tela.
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